2021年3月、教育マネジメント機構が全学教育機構、高等教育開発センター及びアドミッションセンターを統合・再編する形で設置されました。教育マネジメント機構内の教学マネジメント室と基盤教育センターが旧高等教育開発センターの主な機能を引き継いでいます。
2008年4月から2021年2月までの高等教育開発センターは、生涯学習の支援・調査研究を担う組織と本学の教育の改善・開発を担う組織が発展的に統合した歴史をもちます。1996年10月、「生涯学習に関する研究・教育を行うとともに，学内及び学外の関係機関と連携を図り生涯学習並びに大学開放活動を推進し，地域社会の発展に寄与することを目的」に（生涯学習教育研究センター規則 第2条，平成8年9月18日施行）、生涯学習教育研究センターが設立されました。2001年2月、「本学の理念・目標に基づき，本学における教育活動の在り方を総合的に探求し，学内緒組織や学外関係機関と連携しながら，高度で個性的な教育の実現を支援することを目的」に（大学教育開発支援センター規則 第2条，平成13年2月21日制定）、大学教育開発支援センターが設立されました。2005年4月、「高等教育に関する内外の教育制度，教育方法及び教育評価方法等を調査研究するとともに，大分大学における教育活動のあり方を総合的に探求することを通して，高度で個性的な特色ある教育改革のための学内横断的事業や各学部及び研究科の教育課題に対応した支援事業等を学内緒組織と密接に連携し積極的に推進することを目的」に（高等教育開発センター規程 第2条，平成17年4月1日制定）、大学教育開発支援センターが高等教育開発センターへと改組しました。2008年4月、生涯学習教育研究センターと高等教育開発センターが統合し、一方の名称を採用する形で「高等教育開発センター」となりました。その設置目的は、「学内外の関係機関との連携を元に，高等教育および生涯学習に関する調査・研究及び教育事業を積極的に推進し，もって大分大学における教育及び地域社会の発展に寄与すること」です（高等教育開発センター規程 平成20年4月1日制定）。
